L'anno è il 2369. Dopo una lunga e sanguinosa lotta contro i Cardassiani, la resistenza bajoriana e i loro colleghi della Flotta Stellare hanno occupato "Terok Nor", un'ex stazione mineraria cardassiana in orbita attorno al pianeta Bajor.

Con il nuovo nome di "Deep Space Nine" datole dalla Federazione, la stazione è adesso gestita da un equipaggio della Flotta Stellare a capo del Comandante Benjamim Sisko, un ufficiale reduce da diverse battaglie che recentemente ha perso sua moglie in uno scontro Borg.

Insieme al suo gruppo, Sisko deve governare gli abitanti della stazione, amichevoli e non, onesti e disonesti, umani e alieni. Questa strana accozzaglia di individui fa di Deep Space Nine una peculiare società , e porta intrighi, crimini ed insoliti accordi commerciali.

Anche se la minaccia del tradimento cardassiano è sempre presente, gli abitanti di Bajor contribuiscono con le loro vicende alla storia della stazione, portando uno strano miscuglio di passioni violente e calma spiritualità su DS9.

E con la scoperta di un vicino portale collegato a una parte dell'universo distante ed inesplorata, il solitario mondo di Deep Space Nine diventerà il punto focale di eventi che conivolgeranno la galassia intera...