È il 2371.

Catapultata nel Quadrante Delta da una potente forza che ha ucciso metà del suo equipaggio, il capitano Kathryn Janeway è costretta a fare un patto con dei fuorilegge ovvero con l'equipaggio di una nave di rinnegati ufficiali della Federazione conosciuti come Maquis.

Mentre le tensioni tra gli uficiali Maquis e della Flotta Stellare hanno risvolti a volte violenti, l'equipaggio deve affrontare pericoli più grandi e più letali, che hanno la forma di anomalie spaziali che minacciano di distruggere la nave in più di un'accasione.

Minacce vengono anche dalle razze locali, tra le quali i guerrieri Kazon e i sinistri e agghiaccianti raccoglitori di organi del Sodalizio Viddiano.

La conoscenza dell'area della galassia in cui si trovano è cruciale, e gli uomini della Voyager sono fortunati ad essere raggiunti da un commerciante talassiano locale (Neelix) e dalla sua compagna ocampa (Kees) entrambi in possesso di qualità nascoste. Un altro nuovo membro dell'equipaggio è il dottore olografico, che viene chiamato ad operare quando il precedente dottore rimane ucciso. Anche se la sua conoscenza è superiore, il medico olografico d'emergenza ha molto da imparare prima di essere accettato come un vero "membro" dell'equipaggio.

Facendo rotta verso casa, il capitano Janewaye ed il suo equipaggio si imbarcano in un difficile ed eccitante viaggio attraverso lo spazio sconosciuto.

Il viaggio ha inizio.