È un indiano originario della Terra, appertenente ad una tribù, quella del popolo del Cauciù (Robber Tree People), che ha lasciato il pianeta natio alla volta di una nuova patria, dove poter vivere seguendo gli insegnamenti degli antichi e le loro tradizioni.
I nonni dei nonni di Chakotay hanno così trovato la loro nuova casa sul pianeta di Dorvan V, vicino al confine cardassiano.
Quando Chakotay nasce è in posizione rovesciata, segno questo, almeno ne è fermamente convinto il padre, che gli spiriti gli conferiranno forza, curiosità ed ostinazione.
Crescendo così lontano dai luoghi che hanno ospitato per millenni il suo popolo, Chakotay non comprende la ragione per cui il padre lo porta sulla terra (e precisamente nella pluviale) a visitare i luoghi sacri dove gli spriti condussero gli antenati del suo popolo.
Durante questo viaggio, lui ed il padre incontreranno i discendenti di quelli che il loro popolo conosce come gli spiriti del cielo, extraterrestri provenienti dal quadrante delta, ed il di Chakotay si farà tatuare il simbolo del loro popolo sulla fronte.
In quest’occasione Chakotay annuncerà al padre di voler abbandonare la tribù per entrare all’accademmia della Flotta Stellare (come lettera di presentazione avrebbe niente po’ po’ di meno che quella del comandante Sulu, il Sulu ce conosciamo bene).
Quindi in contrasto con la volontà del padre e con le tradizioni del suo popolo, Chakotay lascia Dorvan V alla volta di San Francisco (Terra), dove frequenta i corsi dell’Accademmia della Flotta Stellare. Completati gli studi Chakotay inizia una carriera molto promettente che lo porta a raggiungere il grado di comandante della U.S.S. Marrimac.
Quando, nel 2370, il pianeta Dorvan V passa sotto il dominio del governo cardassiano, in seguito al trattato di pace tra Federazione e Cardassia (“Journey’s End” [TNG]), il popolo del Cauciù, che aveva vissuto fino ad allora in pace per generazioni, si trova a dover decidere se lasciare questa seconda Casa o se rimanere e difenderla.
I sentimenti dei coloni sono negativi sia nei confronti dei cardassiani, che vedono come invasori, sia nei confronti dei federali, che vedono come traditori (al momento di questa decisione importante non hanno chiesto il parere dei diretti interessati).
Nonostante tutti gli sforzi della Federazione, nelle vesti del capitano Picard e dell’equipaggio dell’Enterprise (Wesley Crusher compreso), il popolo del Cauciù decide di rimanere nella terra che ha già scelto come propria Casa, pur conoscendo tutti i problemi che da questa decisione potranno derivare. Il periodo iniziale di convivenza risulta talmente tanto difficile che il popolo del Cauciù è costretto a lottare contro i cardassiani, e proprio in uno di questi scontri armati il padre di Chakotay rimane ucciso.
A questo punto Chakotay lascia la Flotta ed abbraccia la causa Maquis, continuando da dove aveva interrotto il padre. Sempre per onorare il padre, e quindi gli antenati, Chakotay si fa tatuare la fronte con il simbolo del suo popolo (un evidente segno di riconoscimento).
Le ragioni, quindi, che portano Chakotay ad abbandonare una “tranquilla e sicura” carriera nella Flotta, carriera per altro già avviata, per diventare un fuorilegge sono prettamente sentimentali ed ideologiche.
In pieno stile Trekker, viene molto rimarcato il confronto tra questa situazione e le vicissitudini secolari dei nativi americani.